محمود احمدی‌نژاد رئیس دولت دهم در کنایه به محمدتقی مصباح‌یزدی از این‌که «برخی با مرتجعینی که ملت را آتش پرست می‌خوانند همراه می‌شوند تا کثافت کاری کنند» ابراز تاسف کرده است.

به گزارش خبرگزاری «مهر» آقای احمدی‌نژاد این اظهارات را روز یکشنبه (۱۶ خرداد ماه) در مراسم «تجلیل از هشت سال تلاش جهادی رئیس جمهور» که در سالن همایش‌های صدا و سیما برگزار شد٬ بیان کرده است.
محمدتقی مصباح‌یزدی پیش‌تر گفته بود ایرانی‌ها نباید «به آتش‌پرستی پدران خود افتخار کنند، زیرا آن فضیلتی نیست، باید به ایران به دلیل منسوب بودن به اهل‌بیت افتخار کنیم.»
وی این اظهارات را در واکنش به سخنرانی‌های «ملی‌گرایانه» احمدی‌نژاد بیان کرده و افزوده بود: ««آب و خاک ارزش آن را ندارد که انسان برای آنجان خود را از دست بدهد و طرح مباحث وطن دوستی نیز شعار دوران جاهلیت است.»

محمود نبویان یکی از شاگردان محمدتقی مصباح یزدی هم به نقل از مرتضی مطهری گفته بود: «کوروش ادم بسیار بی‌خودی بود و حتی استاد مطهری کوروش را فاسد می‌خواند. کوروش فاسد است چون بت پرستی را ترویج کرده است و بت پرستی عین فساد است چون بطلان است.»
رئیس دولت دهم بدون آنکه به نام مصباح و نزدیکان وی اشاره کند اظهار کرده است: «ملتی که از اول دنبال پیامبران و راه سعادت بوده است، حضرت زرتشت را انتخاب کرده است و وقتی قرار بود پیام الهی از طرف حضرت عیسی منتشر شود، به دنبال آن رفت؛ هیچ‌وقت بت‌پرست نبود.»

برخی روحانیون تند رو در سال‌های اخیر به شدت نگران طرح مسائل ملی از سوی دولت محمود احمدی‌نژاد شده‌اند.
آن‌ها می‌گویند احمدی‌نژاد و اسفندیار رحیم‌مشایی با مطرح کردن مسائل ملی و وطن‌پرستانه تلاش می‌کند روحانیت را از ساختار قدرت در ایران کنار بزنند.
روحانیون شیعه در ایران رابطه خوبی با مسائل ملی ندارند٬ انتقاد‌ها و حملات تندی متوجه ملی‌گرایان کرده و از اسلام به عنوان مهم‌ترین شاخصه هویتی مردم ایران نام می‌برند.